نطبق في مدارس إبن خلدون المناهج الدراسية المقررة من وزارة التربية والتعليم ، إلا أنه من خلال خبرتنا التربوية ، وبدراسة جميع المتغيرات المحيطة بنا كمجتمع سعودي صممنا برنامجاً أكاديمياً إضافياً يشتمل على عدد من المواد التعزيزية والإثرائية وفق معايير كي تلبي وتستجيب إلى خصوصية المدارس في بناء شخصية الطالب والطالبة بصورة متكاملة ومتوازنة.