أنشئ معهد الجوازات منذ وقت مبكر حينما كانت الجوازات مرتبطة بوكالة وزارة الداخلية للأحوال والجنسية وكان يتولى مهام تدريب العاملين على أعمال الجوازات المختلفة وكان ذا طابع مدني. وفي تاريخ 5/10/1392ه جاءت فكرة إنشائه ليكون أحد المعاهد العسكرية باسم/معهد الجوازات وقد تبنى فكرة إنشائه بكل اهتمام ومتابعة خادم الحرمين الشريفين الملك فهد بن عبد العزيز (يرحمه الله)عندما كان وزيراً للداخلية. وفي تاريخ 10/5/1393ه صدر القرار الوزاري رقم 1195 والقاضي بتنظيم أعمال الجوازات وسير العمل فيه وفق اللوائح المحددة لذلك.ولا يزال المعهد يحظى برعاية صاحب السمو الملكي الأمير/ نايف بن عبد العزيز ، النائب الثاني ، وزير الداخلية، وصاحب السمو الملكي الأمير/أحمد بن عبد العزيز، نائب وزير الداخلية، وصاحب السمو الملكي الأمير/ محمد بن نايف ، مساعد وزير الداخلية للشؤون الأمنية (حفظهم الله).
