افتتح متحف موقع قلعة البحرين في 18 فبراير 2008 م ليكون شاهداً على أهمية الموقع الأثرية ويقع على طول الواجهة البحرية الشمالية للقلعة مشكلاً مدخلاً إلى الموقع الأثري .يتركز العرض المتحفي حول جدار بارتفاع 8 أمتار يجسد الطبقات الأثرية المتراكمة على الموقع. ويتوسط الجدار 5 قاعات بحيث يجد الزائر نفسه يتدرج مع بشكل تصاعدي. ويعرض المتحف 500 قطعة أثرية تعتبر من أهم المقتنيات المستخرجة من الموقع خلال الحفريات الأثرية مستعرضةً الحقب التاريخية التي مرت على الموقع. يقدم مقهى المتحف المطل على البحر منظراً مبهراً للقلعة وبساتين النخيل المحيطة بها.
