نشأت فكرة إقامة الأكاديمية كمعهد إقليمى للنقل البحرى فى إجتماعات لجنة المواصلات بجامعة الدول العربية فى 11 مارس عام 1970 بصدور قرار مجلس جامعة الدول العربية رقم 2631/1970 بدورته الثالثة والخمسين بالموافقة على إنشاء مركز إقليمى للتدريب على أعمال النقل البحرى، وقد نص القرار على تكليف جمهورية مصر العربية نيابة عن الدول العربية بطلب معونة فنية من المنظمات المتخصصة للأمم المتحدة فى مجال النقل البحرى.