تقرر إنشاء الهيئة الملكية عام 1395 ه (1975م)وإعطائها السلطات الكاملة لتطوير وإنشاء وتشغيل مدينتي الجبيل وينبع الصناعيتين، ومنحت صلاحيات استثنائية تتمثل في تخصص ميزانية مستقلة لها ومنحها استقلال إدارياً لتمكينها من تحقيق الأهداف المنوطة بها مما جعلها مؤسسة فريدة من نوعها في المملكة العربية السعودية، ويتكون التنظيم الذي تتبعة الهيئة الملكية للجبيل وينبع من مجلس إدارة يتطلع برسم السياسات العامة ووضع الخطط الإستراتجية لتطوير العمل، ويرتبط الرئيس مباشرة بمجلس الوزراء، ومقره في مدينة الرياض، وإدارتين عامتين في كل من مدينة الجبيل الصناعية ومدينة ينبع الصناعية تقومان على الإدارة والتشغيل للمدينتين الصناعيتين.